Jen nepatrně, odváděný vzduch je filtrován na sacím ventilu (kuchyň, koupelna, WC) i na předfiltru (před vstupem venkovního vzduchu do jednotky). Přesto by mělo být v projektu počítáno s čistitelností otvorů. Čistění se provádí mechanickým kartáčem na ohebné dlouhé tyči nebo přetlakově pomocí hadice. Čištění vzduchových kanálů v obytných domech je například ve Švédsku předepsáno každých 9 let. Díky prachovým filtrům se navíc v pasivním domě výrazně snižuje celková prašnost, takové domy jsou proto vhodné pro malé děti i alergiky.